Проникновение европейцев на Восток и усиление Армянской церкви за счет римской поддержки вызвали ответную реакцию мусульманского мира. В середине XIII в. Закавказье было завоевано монголами, к середине XIV в. Малая Армения была захвачена турками-сельджуками, а затем мамелюками, в XVI в. часть Армении захватили османы, другая часть была превращена в Ереванское ханство под властью персов. Многие армянские роды были вынуждены эмигрировать в Египет, Индию, Западную Европу, Россию, Польшу, образовав многочисленную диаспору. Армянская церковь оказалась единственной хранительницей древних традиций. Все уступки Риму, в том числе подписание униатской буллы 1439 г., преследовали одну цель — выживания.
За защитой от турецких и персидских бесчинств оставшиеся на родине армяне обращались к русскому престолу (Алексею Михайловичу Романову, Петру I, Екатерине I). Но только Екатерина II в 1768 г. взяла армян под свое покровительство. В 1773 г. в Россию был назначен первый армянский архиерей, в Петербурге, Астрахани, Москве были заложены армянские храмы. Русско-турецкие и русско-персидские войны конца XVIII — начала XIX вв. оказались победоносными для России. В 1828 г. Ереванское и Нахичеванское ханства были преобразованы в Армянскую область и присоединены к Российской империи. Более 40 тыс. армян переселились туда из Персии. По условиям Сан-Стефанского мирного договора 1878 г. России отходили Баязет, Алашкерт, Ардаган, Карс, Эрзурум, но Берлинский международный конгресс оставил ей лишь Карс, Ардаган и Батум.
