Христиане ап. Фомы, принявшие англиканство, стали участниками создания в 1879 г. англиканской епископии в Коттаяме. Теперь эта епис — копия стала частью основанной в 1947 г. Церкви Южной Индии, в последнюю входит также англиканская епископия Южной Индии, методистская церковь и Объединенная (протестантская) церковь.
Яковитская малабарская церковь в начале XX в. испытала еще один раскол: север Траванкора остался под юрисдикцией яковитского патриарха, а юг Траванкора перешел под юрисдикцию митрополита, причисляющего себя к клирикам Индоправославной церкви с католикосом Востока во главе (ныне: Независимая православная сирийская малабарская церковь). Правда, в 1962 г. эти группы воссоединились под юрисдикцией католикоса с условием признания номинальным главой яковитского патриарха.
Особенностью деноминации христиан ап. Фомы является существование закрытой этнической общины «южан» — кнанайа, согласно преданию, восходящей к 72 семьям иудео-христиан, переселившимся в Индию из Месопотамии в 345 г. Потомки этих переселенцев избегают вступать в браки вне кнанайа и образуют две этнические епархии в штате Керала численностью до 200 тыс. человек. Одна из них находит — 510 ся под юрисдикцией Сиро-малабарской католической церкви, а другая— Сирийской яковитской церкви, точнее, Маланкарской (православной) сирийской церкви. Все остальные христиане ап. Фомы признают юрисдикцию одной из следующих церквей: Ассирийской Церкви Востока, Сирийской яковитской церкви, Сиро-малабарской католической церкви, Сиро-маланкарской католической церкви.
