Персы стремились ассимилировать армян, навязав им зороастризм (маздеизм). Сасанидское иго конца IV—V вв. привело к народным восстаниям. Лидер освободительного движения Вартан Мамиконьян погиб в 451 г., персы с легкостью сломили сопротивление дезорганизованных армянских дружин и устроили кровавую расправу. Одной из причин поражения стала двурушническая политика византийского императора Маркиана, который в самый ответственный момент отказался послать войска на помощь армянам в надежде соблюсти нейтралитет с Персией. Военный конфликт перерос в религиозный. Армянский епископат захваченных персами территорий не участвовал в работе Халкидонского вселенского собора 451 г., и армяне, разгневанные предательством христианского императора, перенесли свою ненависть на халкидонские решения. Религиозный сепараФизм усугубили терминологические трудности адекватного перевода, поскольку греч. (рисш; и гшоатаац обозначались в армянском языке единым словом пнутион. Как и в Коптской церкви, богословские дискуссии о способе соединения природ во Христе повлекли за собой размежевание фракций «афтартодокетов» (юлиани — 524 стов) и «фтартолатров» (севириан), преодоленное лишь на Моназкерт — ском соборе 726 г.
Император Юстиниан (527—565) благоволил армяно-григорианам, субсидировал храмостроительство и поддержал осуждение «трех глав» на V вселенском соборе. Его преемники на императорском престоле также были заинтересованы в примирении с армянами, так как в конце VI в. к Византии отошла часть Армении до озера Ван. В 596 г. Армянская церковь прервала общение с Грузинской за то, что грузины приняли Халкидон.
