Большинство фатимидских халифов отличались большей веротерпимостью, нежели их идейные антагонисты суннитские халифы Багдада. В период правления фатимидских халифов получает развитие сложная религиозно-философская доктрина исмаилизма. В идеологии исмаилизма четко выделяются два аспекта внешний (аз-захир) и внутренний, эзотерический (Аль-батын), составляющий стержень вероучения, доступный лишь немногим посвященным в его тайный смысл. При этом обе стороны вероучения находятся между собой в диалектической взаимосвязи, согласно принципу нет внешнего без внутреннего и нет внутреннего без внешнего. Внешняя доктрина была сходна с учением шиитов-имамитов, за исключением пункта о том, что после смерти Джафара Ассадика имамат унаследовали его потомки по линии его старшего сына Исмаила. Исмаилитам предписывалось следовать почти всем обрядовым и правовым требованиям шариата, совершать обязательные ежедневные молитвы и омовения, соблюдать пост в месяц рамадан и т д. Исмаилитская система мусульманского права, наиболее полно разработанная египетским законоведом X в. Кади Нуманом, за редкими исключениями мало чем отличалась от других более широко распространенных шиитских правовых школ джафаритской (имамитской) и зайдитской.
