Известно, что тамплиеры поклонялись Иоанну Крестителю. Кроме того, они предпочитали Евангелие от Иоанна трем другим, так что, возможно, они также поклонялись св. Иоанну Божественному, или Богослову, который в описаниях часто предстает как чисто выбритый женоподобный мужчина. Образы голов (как мужских, так и женских) изобилуют в литературе и искусстве тамплиеров. Когда король Франции Филипп IV и папа Климент решили разгромить орден тамплиеров, одно из обвинений в адрес тех состояло в том, что они поклоняются «порочному» образу головы — высеченному на гробнице барельефу — под названием Бафомет. Согласно описаниям, у этой головы было два лица, обращенных в разные стороны или, возможно, три лица: два, обращенных в разные стороны, и одно, обращенное к зрителю. Иногда говорят, что оба лица Бафомета мужские, иногда — женские, иногда — мужское и женское. Но если у него было два лица, вероятнее всего, что это были мужское и женское лицо, обращенные в разные стороны, и в таком случае наиболее вероятно, что Бафомет был создан по образу римского двуликого Януса — бога начала и конца, бога духовных порталов и ворот. Кроме того, Янус был богом перемен, трансформации и перехода из одного состояния в другое — из одного «мира» в другой. Этот образ символизировал три силы сознания — позитивную, негативную и нейтральную — независимо от того, была ли четко обозначена центральная точка альфа-омега в виде третьего лица или нет.

Это наше утверждение основано на алхимической символике и образе андрогина — слияния противоположностей (мужского и женского начал). Образцом такого слияния, или равновесия противоположностей, может служить одна из четырех статуй у гробницы короля Франциска II в Нантском соборе (Франция): скульптурное изображение молодой девушки, символизирующей благоразумие. Самая поразительная черта этого произведения — бородатое лицо мудрого старца, глядящее с затылка девушки. Этот составной образ предполагает полное слияние противоположностей — хмужского и женского, — что напоминает об андрогине, финальной стадии алхимического процесса, когда преодолевается разделение человеческой психики. Бафомет, согласно некоторым мнениям, являющийся изображением «головы Бога», символизирует это недвойственное состояние. Возможно, именно поэтому тамплиеров обвинили в том, что они приписывали силы Грааля этой голове.

Что касается странного имени Бафомет, то найти его корни в какой-либо мифологии, традиции или религии не удалось, и значение этого слова до сих пор вызывает оживленные споры. Возможно, имя Бафомет (Baphornet) состоит из корней baphe (крестить) и metis (мудрость). Если так, то более чем вероятно, что голова Бафомета состояла из лиц двух Иоаннов: Иоанна Крестителя (крещение) и Иоанна Богослова (мудрость). Первого из них обычно изображают с бородой, и он может олицетворять маскулинное начало, а второго изображают чисто выбритым и женоподобным, и он может олицетворять фемининное начало. Подобно архетипической богине, которая держит в руках сосуд или чашу  (например, Иннане, Керидвен, Бригит и Марии Магдалине), Богослова часто изображают с «чашей яда» (которую некоторые ассоциируют с Граалем), откуда выходит змея или крылатый дракон — символ «мудрости».