С IX по XII в. Византия предпринимала неоднократные попытки скорректировать христологию армяно-григориан. Армянские католикосы с готовностью шли на диалог с Константинополем, причем обе стороны всякий раз убеждались в «православное» вероисповедания друг друга: «Признавать, что во Христе Иисусе существуют две природы в одном Лице.— не противоречит истине, при условии, чтобы это единство не было разделено на два» (католикос Нерсес IV, 1166—1173). Только боязнь потерять независимость удержала армяно-григориан от объединения с Константинопольской церковью. Когда турки-сельджуки стали одно за другим захватывать разобщенные княжества Хайастана, сумевшая сохранить единство Армянская церковь стала единственным оплотом. Во главе с Багратидами армяне переселились в Киликийскую долину, основав новое государство — Малую Армению (1095—1375). Именно на период существования Малой Армении приходится пик богословских дискуссий армяно-григориан с византийцами. Нерсес IV, не зная о политической подоплеке переговоров, с готовностью признал Халкидон и в очередной раз анафематствовал Евтихия, Диоскора, Севира Антиохийского и Тимофея Элура: «…мы не разделяем, по Несторию, одного Христа на два лица и не сливаем, по Евтихию, в одну природу, но говорим две природы, согласно Григорию Богослову… <…> Ибо Христос был двойным по природе, но не по Ипостаси. <…> Но мы учим об одной природе во Христе <воплощенной> …по Кириллу Александрийскому… Мы принимаем великий в Халкидоне… собор…»
